On appelle microbiote, l’ensemble des micro-organismes qui vivent sur et dans le corps d’un hôte. On va distinguer le microbiote de la peau, le microbiote digestif (microbiote buccodentaire et microbiote du tractus digestif) ainsi que le microbiote vaginal.
Le microbiote est unique et propre à chacun. Il est transmis à chaque individu lors de sa naissance (microbiote de la peau en cas de césarienne et microbiote vaginal et digestif en cas d’accouchement par voie basse). L’allaitement est également à l’origine de la transmission d’un microbiote de la mère à l’enfant.
Le microbiote est évolutif. En effet, tout au long de la vie il se construit une symbiose entre l’hôte et son microbiote.
On appelle symbiose une association à bénéfice réciproque entre deux individus et/ou de populations.
Au cours de la vie, les principales sources d'enrichissement du microbiote sont l’alimentation et le milieu de vie environnant. Le microbiote peut donc être modifié lors de voyages ou de changements de comportement alimentaire. Il peut également être modifié par une hygiène excessive : l’utilisation trop fréquente de gels hydroalcooliques peut détruire le microbiote de la peau au niveau des mains et être à l’origine d’infections opportunistes. Il faut donc modérer leur utilisation et privilégier un lavage à l’eau et au savon.
Cette symbiose est indispensable à la santé et au bien-être.
Au niveau vaginal, le microbiote est responsable d’un pH acide limitant le développement des micro-organismes non désirés : il est donc indispensable d’avoir une hygiène spécifique en utilisant un savon de pH 5.
Le microbiote digestif est certainement le microbiote le plus important. Représentant une masse de 2 kg, il intervient grâce à des enzymes spécifiques dans la digestion de fibres alimentaires permettant un apport en certains nutriments.
Le microbiote digestif permet également la synthèse de nombreuses vitamines. Par sa simple présence, en protégeant son territoire, il empêche l’installation de micro-organismes pathogènes apportés par l’alimentation.
Il a également une action sur le système immunitaire : un équilibre s’établit dès la naissance entre le microbiote et les cellules de défense. De plus certains micro-organismes du microbiote ont des propriétés anti-inflammatoires.
Ces deux derniers mécanismes concourent à la tolérance du microbiote au niveau de l’intestin par l’organisme. Cependant ce microbiote peut être modifié et engendrer des perturbations niveau de l’organisme. Il peut favoriser l’absorption des graisses à l’origine d’une obésité ou encore, s'il est diminué en quantité et en diversité en cas d’alimentation riche en graisses, il peut déclencher des lésions intestinales sources d’inflammation et de stress influençant le cerveau alors à l’origine de changements de comportements alimentaires engendrant une obésité. Aujourd’hui, il est envisagé de transplanter des microbiotes pour soigner certaines pathologies dont l’obésité.
Expérience de transplantation de microbiote sur des souris jumelles : on remarque que chez des souris génétiquement identiques, la transplantation de deux microbiotes différents influe sur leur masse corporelle. On a donc la preuve ici que le microbiote interagit avec le fonctionnement de notre organisme.