Les gènes homéotiques responsables de l’identité des segments d’un embryon, déterminent la mise en place des organes le long d’un axe antéro-postérieur. Des modifications de l’ordre d’expression de ces gènes ou des modifications de leurs territoires d’expression, ont des conséquences morphologiques importantes. Les gènes homéotiques possèdent de fortes homologies de séquence même chez des groupes très éloignés, preuve qu’ils dérivent de gènes ancestraux.
Chez le serpent, l’augmentation du territoire d’expression du gène Hox C aboutit à l’absence de formation de membres antérieurs.
Des différences de morphologie entre espèces proches peuvent résulter de variations dans la chronologie et l’intensité d’expression de gènes communs. Ainsi la durée des différentes phases de développement peut être modifiée (allongées ou raccourcies voire disparues) et par conséquent la taille ou les proportions de l’organisme pourront être différentes. Toute mutation sur les séquences d’adn contrôlant l’expression des gènes homéotiques entraîne une modification de l’organisme.
Les chiens adultes présentent des caractères observés chez les loups au stade juvénile (oreilles tombantes, cerveau structuré comme celui d’un louveteau de mois).